有機肥的品質由于原料來源的不同差異頗大 ,并且有機肥質量的優劣直接影響到農產品的品質和農業生態環境。 以畜禽糞便為例 , 由于各種飼料添加劑和預混劑的使用 , 目前的畜禽糞便已發生了質的變化 , 存在嚴重的安全隱患 。 商品有機肥的原料主要來源于規模化畜禽場的畜禽糞便 、 污泥、 城市垃圾、 工農業有機廢棄物等 , 不可避免 , 商品有機肥也存在安全隱患。 這些物料生產的有機肥中存在的重金屬被作物吸收 , 進入食物鏈和在土壤中積累 , 會造成農產品和環境污染的風險。