土壤有機質含量是衡量土壤肥力的一項重要指標， 是土壤肥力的物質基礎。土壤有機質直接影響著土壤的保肥性、保水性、緩沖性和通氣狀況等。施用生物有機肥不僅能補充被消耗的植物養分， 而且還能不斷提高土壤有機質含量。

      目前我國耕地中， 80%的面積缺氮， 50%缺磷， 30%缺鉀，有機質不足 1%。而各類有機肥資源中通常含有機質 60%以上，含氮 2.5%，含磷 2%以上，不但是良好的肥源，還是良好的土壤改良劑。

      有機肥養分全面，含有作物生育必需的大量元素和微量元素，還含有豐富的有機質，有些能夠直接被作物吸收利用，有些經過微生物的分解釋放被作物利用。它還含有大量微生物及其分泌物和酶、激素、生長素等活性物質，可促進作物根系發育，使作物更好地利用土壤中的養分。有機肥可提高土壤有機質含量，改良土壤理化性質，從而使土壤中氮、磷等營養元素含量增加。

      有研究表明，在蘋果園中施用有機肥后， 有機質含量較對照增加 75.8 %，土壤容重較對照降低 12.50 %，毛管孔隙度增加 9.8 %，可以明顯改善土壤結構，增加土壤孔隙度，提高土壤保水保肥和通氣能力有機質經微生物分解，縮合成新的腐殖質，它能與土壤中的粘土及鈣離子結合，形成有機無機復合體，促進土壤中水穩性團粒結構的形成，從而可以協調土壤中水、肥、 氣、熱的矛盾，改善土壤結構，使土壤疏松，耕性變好。