發酵塔為矩形塔，內部為分層結構，層數可根據需要設定，上下通風透氣、體積可大可小，多個塔克組合成塔群。有機廢棄物被提升到塔的頂層，通過自動翻板定時翻動，物料隨之落到下層。按照設定的發酵時間發酵物料落到底層，發酵過程結束。塔式發酵采用鋼質翻板，長期浸泡在含有腐蝕物質的有機廢物中，易生銹腐蝕，影響發酵塔的使用壽命。