農業農村部2025年對新建有機肥廠的補貼政策主要包括稅收優惠、專項補貼及項目支持等多維度扶持措施，具體如下：

一、稅收優惠政策

增值稅免征：對納稅人生產銷售和批發、零售有機肥料、有機-無機復混肥料和生物有機肥免征增值稅。

增值稅退稅：對農作物秸稈、林業三剩物綜合利用產品，實行一定比例的增值稅退稅政策。

小微企業優惠：享受減半征收企業所得稅優惠政策的小微企業年應納稅所得額上限從50萬元提高至100萬元。

設備器具稅前扣除：對企業新購入500萬元以下設備、器具的支出，允許在當年一次性稅前扣除。

研發費用扣除：取消企業委托境外研發費用不得加計扣除限制。

虧損結轉年限延長：將高新技術企業和科技型中小企業虧損結轉年限由5年延長到10年。

職工教育經費稅前扣除：將一般企業的職工教育經費稅前扣除限額與高新技術企業的限額統一，從2.5%提高至8%。

二、專項補貼政策

生產原料：需以畜禽糞便、農作物秸稈等農業廢棄物為主要原料，禁止使用粉煤灰、污泥、生活垃圾(經分類陳化的廚余廢棄物除外)等存在安全隱患的物料。

產品質量：生產的商品有機肥需符合國家或部頒標準，如《有機肥料》(NY/T 525)或《生物有機肥》(NY 884)標準，且產品經質檢部門抽查合格。

生產規模：年生產規模需達到一定量，例如年產10000噸以上，且需具備正規的肥料產品登記證。

地區補貼差異：

按生產量補貼：部分地區如沈陽市對有機肥生產按生產量給予補助，例如不超過50元/噸，項目總金額不超過1000萬元。

按使用量補貼：如福建省對商品有機肥示范推廣項目，每畝施用量達到250公斤以上，每畝補貼不超過100元。

綠色循環農業項目：納入省級“有機肥替代化肥”試點企業，最高可獲200萬元/年補助。

畜禽糞污資源化利用：規模化養殖場配套有機肥廠，可申請糞污處理設施補貼(中央財政補貼≤總投資的30%)。

三、項目支持政策

綠肥及商品有機肥示范推廣項目：安排專項資金用于支持綠肥種植和商品有機肥的示范推廣，促進有機肥技術的研發和應用。

申報流程：項目承建單位需逐級申報立項，經鄉鎮(街道)、區縣(市)農業農村局審核后上報。項目驗收時須選擇綜合評價等級在2A以上的第三方審計機構對項目單位有機肥生產量進行認定，出具審計報告作為核定項目補助的依據。

質量監管：實施質量抽檢、留樣封存制度，對不合格產品終止補貼并追責。任何部門、單位不得擠占、挪用專項補助資金，確保專款專用，及時撥付。項目承建單位有弄虛作假、騙取財政資金等違法違規行為，將取消其補助資格，收回補助資金，承擔相應法律責任。

四、補貼申請條件

企業資質：申請補貼的生產企業需要具備獨立的法人資格，合法經營，并具有正規的肥料產品登記證，且產品經質檢部門抽查合格。

生產要求：每年還需經市農業部門組織的肥料產品正規小區試驗，肥效顯著，且為本地使用量較大的肥料生產企業。