養牛場生產牛糞有機肥需要辦理以下證件：

營業執照：這是企業開展經營活動的基礎證件，需向當地工商行政管理部門提交企業名稱、經營范圍(需包含“有機肥”或“精制有機肥”)、注冊資本、股東信息等材料，經審核批準后頒發。

肥料登記證：生產有機肥必須申請肥料登記證，以確保產品質量和安全性。申請者需是經工商行政管理機關正式注冊、具有獨立法人資格的肥料生產者，并具備微生物肥料生產設備、化驗檢測設施，能夠開展生物有機肥的生產和質量檢驗工作。肥料登記證由農業部負責登記，具體程序可咨詢當地農業部微生物肥料和食用菌菌種質量監督檢驗測試中心。

環保證：包括環境影響評價文件、環保竣工驗收證明等。需向當地環保部門提交項目環境影響評價報告，并經過環保部門的審核和驗收，以證明生產過程符合環保要求。

無害化處理證明：牛糞處理成有機肥需確保無害化，因此需向當地環保部門申請無害化處理證明。

垃圾清運許可證(如涉及牛糞收集和運輸)：若養牛場涉及牛糞的收集和運輸，可能需要申請垃圾清運許可證，具體要求根據當地環保部門的規定而定。

食品生產許可證(如有機肥用于農作物生產或動物飼料且需符合食品安全標準)：若牛糞處理成的有機肥用于農作物生產或提供動物飼料，且需符合食品安全標準，則需向當地市場監管部門申請食品生產許可證，并經過嚴格的審核和檢驗。

其他可能需要的證件：根據具體情況，可能還需辦理土地使用證(如涉及土地租賃或購買)、消防安全檢查合格證等。