高效、穩定的生態有機肥發酵菌劑是制造優質生態有機肥的關鍵，生產生態有機肥包括菌劑生產、肥料制造和產品檢驗包裝等工序過程，其中菌劑生產尤其重要，它包括菌種選育、菌劑發酵、質量檢測、包裝與儲存和運輸等環節，技術水品高要求高，對下游生產肥料質量影響很大，是生產生態有機肥的關鍵，必須嚴格把關，嚴格控制，最好應集中技術力量強的企業專門生產，以有利于保證菌劑重量和產品更新開發。傳統采用堆肥、漚肥等方法生產有機肥技術粗放，利用肥料中原有微生物自然接種，露天堆漚，基本為有機質腐爛過程，其洲際較長如一般秸稈堆肥需1-2個月，且不具有其他生態肥效。而采用人工接種快速堆肥菌劑堆制秸稈肥料可快速腐熟，20d左右即可達傳統堆肥腐熟程度，且施入突然后具有肥效和固N、解P、解K及改善生態環境等功效，因此用于生產生態有機肥菌劑質量十分重要。