有機肥生產在一定條件下可以使用設施農用地，但需嚴格遵循相關政策規定，避免違規占用耕地或突破用地規模限制。

設施農用地是指直接用于作物種植和畜禽水產養殖的設施用地，包括生產設施用地和輔助設施用地。有機肥生產與農業生產密切相關，尤其是當其原料來源于農業生產廢棄物(如畜禽糞便、秸稈等)時，部分環節可能被納入設施農用地范疇。但需注意以下關鍵條件：

用地性質與用途限制：設施農用地主要用于農業生產直接相關的設施建設，如畜禽養殖設施、廢棄物處理設施等。若有機肥生產屬于農業廢棄物資源化利用的一部分，且與養殖、種植等主業配套，可能被允許使用設施農用地。但若涉及大規模工業化生產或商業加工，則需按工業用地標準辦理手續，不得占用設施農用地。

耕地保護要求：設施農用地不得占用永久基本農田，且需盡量避讓優質耕地。若必須占用一般耕地，需落實“耕地進出平衡”，即通過土地整治、復墾等方式補充同等數量和質量的耕地。此外，用地需符合國土空間規劃和農業發展規劃，避免破壞耕地耕作層。

用地規模與備案管理：設施農用地的規模需根據生產需求合理確定，并遵循地方規定的比例限制。例如，畜禽養殖的輔助設施用地(包括有機肥生產設施)通常控制在項目用地的15%以內，且需辦理縣級備案手續。用地單位需提交用途、面積、位置等信息，確保合法合規。

環保與安全要求：有機肥生產需符合環保標準，避免污染土壤和水源。若生產過程中產生廢水、廢氣或異味，需配套建設處理設施，并取得相關環保許可。此外，用地需遠離生態保護紅線、自然保護區等敏感區域。

違規風險與建議：若未經批準擅自將設施農用地用于非農建設(如大規模有機肥加工)，或超規模占用土地，可能面臨土地收回、罰款甚至刑事責任。建議用地單位在項目啟動前，向當地自然資源、農業農村部門咨詢具體政策，確保用地符合規劃，并依法辦理備案或審批手續。