建設有機肥廠申請用地需向自然資源部門(如自然資源和規劃局、國土資源局)提交申請，同時需協調農業、環保、應急管理、住建、消防等多個部門完成相關審批手續。以下是具體說明：

一、用地審批主管部門

根據《土地管理法》及相關規定，建設有機肥廠需向當地自然資源部門(如自然資源和規劃局、國土資源局)申請建設用地審批。需提交的材料包括：

用地申請表：明確用地用途(工業用地)、面積、位置等基本信息;

規劃設計方案：符合城市總體規劃和土地利用規劃;

土地使用證明：如涉及農用地轉用，需辦理農用地轉用審批手續。

二、需協調的其他部門及審批事項

農業部門：

有機肥廠屬于農業相關產業，需向農業部門報備，并可能需配合農業部門進行土壤肥料管理相關審查。

環保部門：

根據《建設項目環境影響評價分類管理名錄》，需編制《環境影響評價報告表》或《環境影響評價報告書》，并提交環保部門審批，獲得環評批復文件。

應急管理部門：

需委托有資質的安全評價機構編制《安全評價報告》，提交應急管理部門審批，獲得安全生產評價批復。

住建部門：

需在住建部門辦理建設工程規劃許可證，提交廠區規劃設計方案，確保符合建設法規。

消防部門：

需向消防部門提交消防設計圖紙、消防設施清單等材料，申請消防設計審核，并在項目建成后申請消防驗收。

三、審批流程與注意事項

申請流程：

向自然資源部門提交用地申請;

辦理農用地轉用審批(如涉及);

辦理規劃許可、環評審批、安全生產評價審批、消防審批等;

最終獲得土地使用證及相關建設許可。

注意事項：

合規性：確保用地符合城市總體規劃和土地利用規劃;

環保要求：嚴格落實環保措施，確保廢水、廢氣、噪聲、固體廢棄物等污染物達標排放;

安全要求：符合安全生產標準，配備必要的安全設施;

時間限制：自用地批準之日起兩年內未進行建設使用的，批復自動失效。