高溫堆肥是有機肥料，特別是人糞尿無害化處理的一個主要方法。秸稈、糞尿經過高溫處理后，可以消滅病菌、蟲卵、草子等有害物質的影響。為了加快秸稈的分解，高溫堆肥都必須接種高溫纖維素分解菌，設立通氣裝置，寒冷地區還應有防寒措施。高溫堆肥堆置的方式有平地式和半坑式二種。堆置的方法與普通堆肥相同，但必須加入好熱性高溫纖維素分解菌，以促進秸稈的分解。常用馬糞培養液代替馬糞達到接種的目的。馬糞培養液的制法是把2兩馬糞加20-30斤水攪拌均勻后放入白鐵桶內。桶上加蓋，放在堆肥上面，桶身賣入堆內，桶口露在外面，在65℃高溫下放置4-5天即可應用。培養液用量為堆肥材料的1％。高溫堆肥一般經過發熱、高溫、降溫、腐熟等幾個階段。高溫階段可以殺蟲滅菌。