“有機肥替代化肥”試點企業通常有補貼。以福建省為例，納入省級“有機肥替代化肥”試點企業，最高可獲200萬元/年補助。此外，不同地區還有多種補貼形式：

按生產量補貼：部分地區如沈陽市對有機肥生產按生產量給予補助，例如不超過50元/噸，項目總金額不超過1000萬元。

按使用量補貼：如福建省對商品有機肥示范推廣項目，每畝施用量達到250公斤以上，每畝補貼不超過100元。

設備器具稅前扣除：對企業新購入500萬元以下設備、器具的支出，允許在當年一次性稅前扣除。

畜禽糞污資源化利用補貼：規模化養殖場配套有機肥廠，可申請糞污處理設施補貼(中央財政補貼≤總投資的30%)。

綠肥及商品有機肥示范推廣項目補貼：安排專項資金用于支持綠肥種植和商品有機肥的示范推廣，促進有機肥技術的研發和應用。

補貼申請通常需要企業具備獨立法人資格、正規肥料登記證，并通過質檢部門抽查。申請材料一般包括企業營業執照、肥料登記證、產品檢測報告、銷售合同等。項目承建單位需逐級申報立項，經鄉鎮(街道)、區縣(市)農業農村局審核后上報。項目驗收時須選擇綜合評價等級在2A以上的第三方審計機構對項目單位有機肥生產量進行認定，出具審計報告作為核定項目補助的依據。