辦理有機肥廠的手續涉及多個部門，以下是主要手續及其辦理部門：

工商營業執照：

辦理部門：當地工商行政管理部門。

說明：根據《中華人民共和國公司法》，設立公司需向工商登記機關申請設立登記，領取營業執照。這是企業合法經營的憑證。

稅務登記：

辦理部門：當地稅務部門。

說明：領取營業執照后，需到稅務部門辦理稅務登記，以便依法納稅。

環保審批手續：

辦理部門：當地環境保護部門。

說明：根據《中華人民共和國環境保護法》，需辦理環境影響評估報告(環評報告書)，確保生產過程中的環保達標。

生產許可證(如涉及復合肥、復混肥)：

辦理部門：省級質量技術監督局。

說明：若生產有機肥以外的復合肥或復混肥，需辦理生產許可證。

有機肥登記證：

辦理部門：省級農業部門(如省土肥站)。

說明：需向農業部門申請肥料登記，確保產品符合相關標準。

消防安全許可證：

辦理部門：當地消防部門。

說明：涉及消防安全的生產活動需辦理此證，確保符合消防安全要求。

其他可能的手續：

特種設備操作證、安全生產許可證：若涉及特殊設備或工藝，需辦理相關許可證。

銀行開戶、社保登記：根據實際需要辦理。